El centro San Manuel desarrolla su actividad docente en dos edificios. El edificio de infantil y primer ciclo de primaria y el edificio principal, que acoge el resto de primaria, la secundaria y las dos aulas de integración.
Los dos edificios están unidos por la Capilla, el edificio del comedor, cocina y residencia de las hermanas.
Todos los edificios cuentan con sala de usos múltiples y despachos y salas de trabajo para el personal docente. La biblioteca y la secretaría se encuentra en la planta baja del edificio principal.
San Manuel cuenta con un patio de recreo para Infantil, y un gran patio con pistas deportivas, donde está ubicado el gimnasio.
